CIR et CII : éligibilité, calcul et comptabilisation

Le crédit d'impôt recherche (CIR) et le crédit d'impôt innovation (CII) financent deux efforts différents. Le CIR vise des travaux de recherche qui lèvent une incertitude scientifique ou technique. Le CII vise, pour certaines PME, la conception d'un prototype ou d'une installation pilote d'un nouveau produit.

Une dépense ne devient donc pas éligible parce qu'elle est appelée « R&D », parce qu'elle est immobilisée ou parce qu'elle figure dans un budget d'innovation. Il faut qualifier le projet, sélectionner les catégories de dépenses prévues par la loi, déduire les aides concernées et conserver un dossier contemporain des travaux.

CIR ou CII : quelle différence ?

Des taux territoriaux spécifiques existent notamment dans les départements d'outre-mer et en Corse. Le taux applicable doit être vérifié selon le lieu de réalisation des opérations, et pas seulement selon l'adresse du siège.

Comment reconnaître un projet éligible au CIR ?

Le CIR ne récompense pas toute innovation ni tout développement complexe. Le projet doit comporter une opération de recherche répondant simultanément aux cinq critères issus du référentiel de Frascati :

1. nouveauté : les travaux visent des connaissances nouvelles pour l'entreprise et au regard de l'état de l'art accessible ;
2. créativité : ils reposent sur des hypothèses ou concepts originaux, et pas sur la simple application d'une solution connue ;
3. incertitude : la solution, son coût ou son calendrier ne peuvent pas être déterminés à l'avance par un professionnel compétent ;
4. démarche systématique : les travaux sont planifiés, suivis, budgétés et leurs résultats sont enregistrés ;
5. transférabilité ou reproductibilité : les connaissances et résultats peuvent être décrits et réutilisés.

Le dossier doit partir de l'état de l'art disponible au lancement du projet, identifier précisément le verrou scientifique ou technique, présenter les hypothèses testées, les essais, les échecs et les conclusions. Une difficulté commerciale, un retard, une architecture logicielle volumineuse ou l'absence de solution immédiatement disponible chez un fournisseur ne constituent pas, à eux seuls, une incertitude éligible.

Dans un projet plus large, seules les tâches indispensables à l'opération de recherche sont retenues. L'industrialisation, la mise en production, la maintenance, la correction courante d'anomalies, l'adaptation à un client, la formation et la commercialisation doivent être écartées lorsqu'elles n'apportent aucune contribution scientifique ou technique directe.

Comment reconnaître un projet éligible au CII ?

Le CII est réservé aux PME au sens européen : moins de 250 personnes et chiffre d'affaires annuel n'excédant pas 50 M€ ou total de bilan n'excédant pas 43 M€, après prise en compte des entreprises partenaires et liées.

Le projet doit porter sur un bien corporel ou incorporel qui n'est pas encore mis à disposition sur le marché et qui se distingue des produits existants par des performances supérieures sur au moins un des axes suivants :

• performances techniques ;
• éco-conception ;
• ergonomie ;
• fonctionnalités.

La nouveauté s'apprécie sur le marché de référence, pas uniquement pour l'entreprise. Le prototype doit permettre de vérifier ces performances avant commercialisation ; l'installation pilote doit servir à tester le procédé dans des conditions représentatives. Un nouveau service, une personnalisation esthétique, une collection supplémentaire ou une amélioration de procédé sans nouveau produit ne suffit pas automatiquement.

Une même opération peut commencer par une phase de recherche éligible au CIR, puis se poursuivre par une phase de conception de nouveau produit éligible au CII. Il faut alors dater le passage d'une phase à l'autre, isoler les tâches et empêcher tout double emploi des dépenses.

Quelles dépenses entrent dans le CIR en 2026 ?

Après qualification du projet, l'entreprise reconstitue l'assiette par catégorie fiscale. Peuvent notamment être retenus :

• les dotations aux amortissements des immobilisations neuves directement affectées aux opérations de recherche ;
• les rémunérations et charges sociales obligatoires des chercheurs et techniciens de recherche, selon leur temps réellement consacré aux opérations éligibles ;
• les dépenses de fonctionnement calculées forfaitairement à 75 % des amortissements éligibles et 40 % des dépenses de personnel éligibles ;
• les travaux de recherche confiés à des organismes ou experts agréés, dans les conditions et limites prévues par les textes ;
• certaines dépenses de normalisation, retenues pour la moitié de leur montant.

Depuis le 15 février 2025, le forfait de fonctionnement appliqué aux dépenses de personnel est de 40 %. Le doublement de l'assiette des dépenses de jeunes docteurs a été supprimé. Les frais de prise, maintenance et défense de brevets ou certificats d'obtention végétale, ainsi que la veille technologique, ne figurent plus dans l'assiette du CIR pour les dépenses exposées à compter de cette date.

La sous-traitance doit être examinée contrat par contrat : agrément du prestataire, nature réelle des travaux, absence de simple mise à disposition de personnel, lien de dépendance, plafonds et règle de proportion avec les dépenses internes. La facture ne remplace jamais le descriptif scientifique des opérations réalisées.

Quelles dépenses entrent dans le CII en 2026 ?

Dans la limite annuelle globale de 400 000 €, le CII peut notamment comprendre :

• les amortissements des immobilisations neuves directement affectées à la conception du prototype ou de l'installation pilote ;
• le personnel directement et exclusivement affecté, sur la base du temps réel justifié ;
• certaines dépenses de propriété intellectuelle : amortissement, dépôt, maintenance et défense de brevets, certificats d'obtention végétale, dessins et modèles liés aux opérations éligibles ;
• les travaux de conception confiés à des entreprises ou bureaux d'études agréés.

Le forfait de dépenses de fonctionnement du CIR ne doit pas être ajouté à l'assiette CII en 2026. Les temps forfaitaires ou arrondis sont également fragiles : les feuilles de temps doivent pouvoir être rapprochées des tâches, livrables et bulletins de paie comptabilisés.

Peut-on immobiliser les dépenses utilisées pour le CIR ou le CII ?

Oui, tout ou partie des coûts réels ayant servi au calcul du CIR ou du CII peut aussi être immobilisé, si les critères comptables d'inscription à l'actif sont remplis. C'est même un usage fréquent : le suivi analytique du projet fiscal offre une base documentaire utile pour calculer le coût des frais de développement ou d'une solution créée en interne.

Mais ce rapprochement impose trois retraitements :

Le guide sur la production immobilisée détaille les comptes 721 et 722, les six critères d'activation et l'effet sur les résultats futurs. Le traitement comptable reste indépendant de l'éligibilité fiscale : une dépense peut être en charges et ouvrir droit au CIR, ou être inscrite à l'actif sans ouvrir droit à aucun crédit d'impôt.

Lorsqu'un coût de développement immobilisé est éligible au CIR, il est déclaré dans l'année où la dépense a été exposée. L'entreprise doit reconstituer, à partir du coût global activé, les catégories fiscales admises. Elle ne doit pas reprendre ultérieurement l'amortissement du même actif dans l'assiette : cela compterait deux fois la dépense. Les règles comptables des immobilisations continuent, elles, à s'appliquer normalement.

Exemple de calcul du CIR et rapprochement comptable

Une PME mène en 2026 un projet de développement expérimental éligible. Elle justifie :

• 180 000 € de personnel de recherche ;
• 20 000 € d'amortissements d'équipements éligibles ;
• 40 000 € de travaux confiés à un prestataire agréé ;
• 30 000 € de subvention publique affectée au projet.

Son assiette fiscale, sous réserve de toutes les conditions, est la suivante :

Le coût éventuellement immobilisé n'est pas 297 000 €. Il est calculé à partir des coûts comptables réels attribuables à la phase de développement : les forfaits fiscaux de 72 000 € et 15 000 € n'y entrent pas automatiquement, tandis que la subvention ne vient pas diminuer le coût d'entrée de l'actif. Le rapprochement doit expliquer chaque écart plutôt que forcer les trois bases à devenir identiques.

Comment traiter les subventions et avances ?

Les subventions publiques reçues à raison des opérations ouvrant droit au CIR ou au CII sont déduites de l'assiette, qu'elles soient définitivement acquises ou remboursables. Lorsqu'une aide remboursable est effectivement restituée, son montant est ajouté à la base de l'année du remboursement, dans les conditions prévues par le texte.

Il faut affecter l'aide aux opérations qu'elle finance. Une subvention globale couvrant plusieurs lots ne doit pas être intégralement imputée au seul projet éligible sans clé documentée. Les aides reçues par un prestataire agréé au titre des opérations qui lui sont confiées appellent aussi un traitement spécifique.

Cette déduction fiscale ne change pas la valeur comptable de l'actif produit. Le traitement des subventions d'exploitation et d'investissement répond à leur objet, à leurs conditions d'acquisition et à la décision comptable applicable ; il ne reproduit pas le calcul de la base CIR/CII.

Quelle écriture comptable pour le CIR ou le CII ?

Pour une société soumise à l'impôt sur les sociétés, la créance peut être constatée au débit du compte 444 - État, impôts sur les bénéfices, par le crédit du compte 699 - Produits, crédit d'impôt recherche. Une subdivision analytique permet de distinguer CIR et CII.

Dans l'exemple précédent :

Ce produit n'est pas imposable : lorsqu'il a été inclus dans le résultat comptable, il fait l'objet du traitement extra-comptable approprié. Pour une entreprise individuelle relevant de l'impôt sur le revenu, la créance n'est pas comptabilisée dans les comptes de l'entreprise selon la doctrine administrative.

Le crédit d'impôt ne doit pas être confondu avec la charge courante d'IS : le guide de comptabilisation de l'impôt sur les sociétés détaille les acomptes, la liquidation et le contrôle du compte 444.

Lors du remboursement :

La comptabilisation doit être cohérente avec l'estimation suffisamment fiable disponible à la clôture des comptes, les déclarations déposées et les éventuelles incertitudes documentées.

Comment déclarer, imputer ou demander le remboursement ?

Le CIR et le CII sont calculés sur le formulaire 2069-A-SD, avec les annexes nécessaires. Le montant est également reporté sur la déclaration 2069-RCI-SD. Pour une société à l'IS, le crédit s'impute sur l'impôt dû ; la demande de remboursement utilise le formulaire 2573-SD.

La créance non utilisée est en principe imputable sur l'IS des trois années suivantes, puis remboursable. Certaines entreprises peuvent demander une restitution immédiate, notamment les PME au sens européen, les entreprises nouvelles sous conditions, les jeunes entreprises innovantes et certaines entreprises en difficulté.

Les dépenses sont suivies par année civile, même lorsque l'exercice comptable est décalé. Le calendrier de dépôt dépend ensuite de la date de clôture et du relevé de solde d'IS. Notre calendrier des clôtures décalées montre comment éviter de mélanger exercice comptable et millésime du crédit d'impôt.

Quel dossier conserver en cas de contrôle ?

Le dossier doit être constitué pendant les travaux, et non reconstitué après réception d'une demande. Il réunit au minimum :

• l'état de l'art, les verrous, hypothèses, protocoles, essais, résultats et conclusions pour le CIR ;
• l'étude du marché, la comparaison des performances et les étapes de conception pour le CII ;
• l'organigramme du projet, les diplômes et fonctions des participants ;
• les temps par personne, projet, tâche et période, rapprochés de la paie ;
• le calcul des amortissements, les factures, contrats, agréments et livrables des prestataires ;
• le détail des subventions et avances avec leur affectation ;
• le rapprochement entre comptabilité générale, analytique, production immobilisée, déclarations fiscales et montant comptabilisé.

Chaque montant doit rester relié à une pièce justificative et à une piste d'audit. Pour sécuriser une situation réellement incertaine, l'entreprise peut demander un rescrit avant la date limite applicable. Le rescrit ne dispense ni de l'exactitude des dépenses ni de la conservation des preuves.

Les erreurs les plus fréquentes

1. Partir des personnes au lieu des opérations : un ingénieur ou un docteur n'est pas éligible à 100 % par son seul titre.
2. Confondre innovation et recherche : une nouveauté commerciale peut relever du CII, du CIR, des deux successivement ou d'aucun dispositif.
3. Utiliser un pourcentage de temps théorique sans journal de projet, livrable ni cohérence avec l'activité réelle.
4. Intégrer deux fois une dépense, dans le CIR puis le CII, ou à l'engagement puis via l'amortissement de l'actif créé.
5. Ajouter au CII le forfait de fonctionnement du CIR.
6. Oublier les subventions publiques, y compris remboursables.
7. Assimiler le compte 721 à l'assiette fiscale sans expliquer les écarts.
8. Documenter seulement le succès : les essais infructueux et les choix abandonnés sont souvent essentiels pour démontrer l'incertitude et la démarche de recherche.

Questions fréquentes

Une dépense comptabilisée en charge peut-elle ouvrir droit au CIR ?

Oui. Le traitement comptable ne décide pas de l'éligibilité. Une opération de recherche peut rester intégralement en charges et ses dépenses autorisées entrer dans le CIR.

Une dépense immobilisée est-elle automatiquement éligible ?

Non. L'activation répond aux critères du PCG ; le CIR et le CII répondent à des critères fiscaux distincts. Un développement informatique courant peut être activable mais non éligible au CIR.

Les mêmes dépenses peuvent-elles servir au calcul du CIR/CII et de la production immobilisée ?

Oui, c'est fréquent pour les coûts réels directement attribuables à une phase de développement. Il faut toutefois exclure de la production immobilisée les éléments purement fiscaux, comme les forfaits, et expliquer les dépenses qui n'appartiennent qu'à un seul périmètre.

Une subvention d'investissement réduit-elle la valeur de l'actif ?

Non. Elle peut réduire la base CIR/CII si elle finance les opérations éligibles, mais elle ne diminue pas le coût d'entrée comptable de l'immobilisation.

Peut-on cumuler CIR et CII sur le même projet ?

Oui, si le projet comprend des phases distinctes répondant chacune à leurs conditions. Une même dépense ne peut en revanche être retenue deux fois.

Sources officielles

• Article 244 quater B du CGI - CIR et CII
• BOFiP - champ des opérations de recherche éligibles au CIR
• BOFiP - frontière entre recherche éligible et activités connexes
• BOFiP - dépenses éligibles et frais de développement immobilisés
• BOFiP - champ d'application du CII
• BOFiP - dépenses éligibles au CII
• BOFiP - comptabilisation, imputation et remboursement
• Guide du crédit d'impôt recherche 2025 - ministère chargé de la Recherche
• Formulaire 2069-A-SD 2026