La comptabilité d'une profession libérale de santé doit rapprocher des honoraires payés par les patients, des virements de l'Assurance Maladie, des règlements de mutuelles, des forfaits et parfois des rétrocessions. Le montant crédité sur le compte bancaire ne permet pas toujours de savoir quel acte a été payé, rejeté ou régularisé.
Médecins, infirmiers libéraux, masseurs-kinésithérapeutes, sages-femmes, orthophonistes, chirurgiens-dentistes et autres praticiens n'ont pas tous les mêmes règles sociales ou professionnelles. Ils partagent toutefois plusieurs difficultés comptables : la déclaration 2035, l'exonération de TVA limitée aux soins à finalité thérapeutique, le suivi du tiers payant et la distinction entre exercice individuel, SCM et SEL.
Quelles recettes un professionnel de santé doit-il suivre ?
Un logiciel métier peut produire les feuilles de soins sans pour autant expliquer seul tous les mouvements bancaires. La comptabilité doit distinguer l'origine et la nature de chaque recette.
| Flux courant | Contrôle à effectuer |
|---|---|
| Paiement direct d'un patient | Date, acte ou facture, moyen de paiement et éventuel reste à charge |
| Virement de l'Assurance Maladie | Rapprochement avec les factures, lots, règlements et retours NOEMIE |
| Règlement d'une complémentaire | Identification de la part correspondante et des décalages de paiement |
| Rémunération forfaitaire ou aide | Nature du versement, période concernée et traitement fiscal |
| Remplacement ou rétrocession | Convention, honoraires concernés et distinction entre recettes et sommes reversées |
| Acte ou prestation hors soins | Analyse de la TVA et séparation des recettes taxables éventuelles |
Le suivi des factures en tiers payant intégré aux solutions SESAM-Vitale permet notamment d'identifier les paiements, rejets, régularisations et rémunérations forfaitaires. Il faut conserver ces détails : un virement global de la CPAM ne doit pas devenir une ligne comptable impossible à expliquer.
Le principe reste celui d'un rapprochement bancaire, enrichi des lots de télétransmission et des retours NOEMIE qui expliquent chaque versement.
Micro-BNC, déclaration 2035 ou société ?
Le micro-BNC est un régime fiscal
Lorsqu'il est accessible à la profession et que les conditions sont remplies, le micro-BNC calcule le revenu imposable après un abattement forfaitaire de 34 %. En 2026, son plafond de recettes est de 83 600 €, avec les règles de dépassement applicables sur deux années.
Il ne faut pas confondre ce régime fiscal avec le statut de micro-entrepreneur et son régime micro-social. L'accès dépend de la profession et de son affiliation. Par exemple, la fiche officielle consacrée à l'infirmier libéral indique que son activité réglementée affiliée à la CARPIMKO n'est pas compatible avec le régime de la micro-entreprise. Une simulation générique pour « freelance libéral » ne doit donc pas être appliquée automatiquement à un professionnel de santé.
La déclaration contrôlée et la 2035
Au régime de la déclaration contrôlée, le bénéfice non commercial est calculé à partir des recettes et dépenses professionnelles, selon les règles BNC. L'entrepreneur individuel dépose notamment une déclaration 2035 et ses annexes, en plus de la 2042-C-PRO.
La tenue doit permettre d'identifier chronologiquement les recettes et les dépenses, les immobilisations et amortissements, ainsi que les sommes qui ne constituent pas immédiatement une recette ou une charge. Un transfert entre deux comptes, un apport personnel ou le remboursement d'un emprunt ne doit pas être classé comme un honoraire ou une dépense professionnelle.
L'exercice en SEL impose une comptabilité de société
Une SELARL, SELAS ou autre société d'exercice libéral exerce la profession et perçoit les honoraires. Elle tient une comptabilité commerciale complète, produit des comptes annuels et suit la rémunération des dirigeants et associés selon ses propres règles.
Le passage en SEL ne se résume pas à comparer l'impôt sur le revenu et l'impôt sur les sociétés. Il faut intégrer les règles ordinales, la protection sociale, la rémunération de l'activité professionnelle, les besoins d'investissement et le coût de fonctionnement de la structure.
Les soins sont-ils toujours exonérés de TVA ?
Non. L'exonération vise les prestations de soins à la personne dispensées dans le cadre des professions médicales et paramédicales reconnues, lorsqu'elles poursuivent une finalité thérapeutique : prévenir, diagnostiquer, soigner ou, dans la mesure du possible, guérir une maladie ou une anomalie de santé.
| Prestation | Traitement de TVA à examiner |
|---|---|
| Consultation ou soin à finalité thérapeutique | Exonération normalement applicable si les conditions professionnelles le permettent |
| Acte esthétique ayant une finalité thérapeutique | Exonération à justifier par des éléments objectifs |
| Acte esthétique sans finalité thérapeutique | Opération susceptible d'être soumise à la TVA |
| Expertise destinée à la décision d'un tiers | Prestation en principe taxable |
| Vente de produits ou activité de conseil distincte | Analyse séparée nécessaire |
La qualité de médecin ou d'auxiliaire médical ne transforme donc pas toute prestation en soin exonéré. Pour une activité mixte, le praticien doit séparer les recettes exonérées et taxables, surveiller les seuils de franchise applicables aux activités taxables et calculer correctement son droit à déduction.
La TVA sur les achats n'est pas automatiquement récupérable
Un professionnel qui réalise exclusivement des soins exonérés ne facture pas de TVA au patient, mais ne peut normalement pas déduire la TVA sur le matériel, le mobilier, le loyer taxé ou les logiciels affectés à ces soins. Le prix TTC devient alors un élément du coût ou de l'immobilisation.
En présence d'activités à la fois exonérées et taxables, une affectation ou un coefficient de déduction peut être nécessaire. L'utilisation d'un taux forfaitaire sans analyse des dépenses expose à récupérer trop ou pas assez de TVA.
Rapprocher le tiers payant et traiter les rejets
Le tiers payant crée un décalage entre l'acte, la feuille de soins, la part obligatoire, la complémentaire et le virement. La méthode la plus sûre consiste à suivre chaque facture jusqu'à son statut final : payée, partiellement payée, rejetée, corrigée ou abandonnée.
Les retours NOEMIE peuvent notamment signaler :
- une cotation ou un code acte incorrect ;
- un problème de droits ou d'identification ;
- une facture en double ;
- un acte non conforme aux règles conventionnelles ;
- un délai de transmission non respecté ;
- une régularisation portant sur un paiement antérieur.
Un rejet n'est ni une dépense ni automatiquement une perte définitive. Il doit rester dans le suivi jusqu'à sa correction ou jusqu'à la décision documentée de ne plus le recouvrer.
Ne pas confondre recette et virement
Au régime BNC de droit commun fondé sur les encaissements, la date bancaire reste essentielle, mais le libellé ne suffit pas. Un versement peut regrouper plusieurs actes et une même facture peut être réglée par plusieurs payeurs. Le rapprochement doit donc relier le mouvement bancaire au détail produit par le logiciel métier.
Remplacements, collaborations et rétrocessions d'honoraires
Les remplacements et collaborations doivent être encadrés par les contrats requis par la profession. La comptabilité doit refléter le circuit juridique réel : qui facture ou encaisse les actes, qui supporte les frais, quelle somme est conservée et quelle somme est reversée ?
Enregistrer seulement le montant net conservé peut masquer une recette et une rétrocession distinctes. À l'inverse, comptabiliser deux fois le même honoraire fausse le bénéfice. Conservez la convention, le relevé des actes, le calcul de la rétrocession, la preuve du paiement et le justificatif remis au remplaçant ou au collaborateur.
Le mot « rétrocession » est parfois utilisé pour des situations différentes. Une mise en commun de frais, un partage d'honoraires, une redevance de collaboration et un remboursement de débours n'ont pas le même traitement.
Quelles charges suivre en profession libérale de santé ?
Au régime de la déclaration contrôlée, les dépenses doivent être engagées dans l'intérêt de l'activité, justifiées et correctement classées. Les postes fréquents comprennent :
- loyer, charges du cabinet et participation aux frais communs ;
- petit matériel, consommables et tenues strictement professionnelles ;
- logiciel métier, télétransmission, secrétariat et terminal de paiement ;
- assurance de responsabilité civile professionnelle et cotisations ordinales ;
- frais de véhicule, tournées et déplacements professionnels ;
- formation continue et documentation ;
- salaires, charges sociales et prestations de remplacement ;
- cotisations Urssaf et caisse de retraite ;
- intérêts d'emprunt et frais bancaires professionnels.
Une dépense mixte doit être ventilée. Un véhicule utilisé pour les tournées et la vie privée, un téléphone personnel ou une pièce du domicile ne deviennent pas intégralement professionnels parce qu'ils servent parfois au cabinet.
Le matériel durable et significatif peut constituer une immobilisation à amortir plutôt qu'une charge immédiate. Tenez le registre des immobilisations à jour et conservez les factures, dates de mise en service, financements et cessions. Le guide sur la comptabilisation des immobilisations détaille ce traitement.
SCM, partage de frais ou SEL : ne pas mélanger les structures
Une société civile de moyens (SCM) sert à partager des locaux, du personnel ou du matériel. Elle n'exerce pas elle-même la profession : les associés conservent leur patientèle, leurs honoraires et leur responsabilité professionnelle. La SCM dispose de sa propre comptabilité, répartit les dépenses et dépose notamment une déclaration 2036.
Une SEL, au contraire, exerce la profession et perçoit les honoraires. Les comptes bancaires, factures et contrats doivent correspondre à la bonne personne juridique. Payer une dépense personnelle avec le compte de la SEL ou faire encaisser les honoraires de la SEL sur le compte individuel fragilise la piste d'audit.
Anticiper les cotisations sociales et la caisse de retraite
Les praticiens et auxiliaires médicaux conventionnés relèvent de règles sociales particulières. Les cotisations Urssaf peuvent être calculées provisoirement puis régularisées lorsque le revenu définitif est connu. La retraite est gérée par la section professionnelle compétente, par exemple la CARMF pour les médecins ou la CARPIMKO pour plusieurs professions paramédicales.
La réforme de l'assiette et du barème des cotisations des indépendants produit des effets à compter des déclarations de revenus 2025 effectuées en 2026. Une provision de trésorerie fondée uniquement sur les appels de début d'activité peut donc être insuffisante.
Pour construire cette provision, reprenez aussi les principales charges sociales et fiscales de l'entreprise, puis adaptez-les à la caisse et au statut exacts du praticien.
Protéger le secret médical dans les pièces comptables
La comptabilité doit justifier la recette sans recopier inutilement des informations de santé. Limitez les exports transmis au comptable aux données nécessaires : numéro de facture ou identifiant, date, payeur, montant et mode de règlement. Les diagnostics, prescriptions et détails cliniques restent dans les outils soumis aux règles de confidentialité appropriées.
Facturation électronique : même un cabinet exonéré doit préparer la réception
Un cabinet qui réalise exclusivement des soins exonérés n'a pas à faire passer ces soins dans le circuit d'e-invoicing. En revanche, en tant qu'acheteur, il doit pouvoir recevoir les factures électroniques de ses fournisseurs entrant dans le champ de la réforme à compter du 1er septembre 2026. Une activité annexe taxable doit être analysée séparément pour déterminer ses obligations d'émission et d'e-reporting.
Le calendrier et les exclusions sont détaillés dans le guide sur la facturation électronique 2026-2027.
Une clôture mensuelle adaptée au cabinet
- 1Exporter
Récupérer les actes facturés, retours NOEMIE, paiements, rejets et rémunérations forfaitaires du logiciel métier.
- 2Rapprocher
Relier les virements CPAM et mutuelles, cartes, chèques et espèces aux recettes correspondantes.
- 3Corriger
Traiter les rejets, doublons, régularisations et factures encore en attente.
- 4Ventiler
Séparer soins exonérés, activités taxables, forfaits, aides, rétrocessions et apports personnels.
- 5Justifier
Classer les dépenses et mettre à jour les immobilisations sans conserver de données médicales inutiles.
- 6Provisionner
Mettre de côté l’impôt, les cotisations Urssaf, la retraite et les investissements prévus.
Retrouvez les guides consacrés aux autres activités indépendantes dans la catégorie Focus par métier.
Questions fréquentes
Un professionnel de santé doit-il faire une déclaration 2035 ?
Oui lorsqu'il exerce en entreprise individuelle au régime de la déclaration contrôlée BNC. Le micro-BNC, lorsqu'il est accessible, dispense de 2035 mais pas de la déclaration annuelle des recettes. Une SEL dépose pour sa part les déclarations correspondant à une société.
Les professionnels de santé facturent-ils la TVA ?
Les soins à finalité thérapeutique dispensés dans le cadre d'une profession médicale ou paramédicale reconnue sont normalement exonérés. Les expertises, actes sans finalité thérapeutique, ventes et prestations annexes doivent être analysés séparément.
Un infirmier libéral peut-il être micro-entrepreneur ?
La fiche officielle Service Public relative à l'infirmier indique que l'activité libérale réglementée, affiliée à la CARPIMKO, n'est pas compatible avec le régime de la micro-entreprise. Il ne faut pas appliquer le taux micro-social des professions libérales non réglementées à un IDEL.
Peut-on récupérer la TVA sur le matériel médical ?
Pas lorsque le matériel est affecté à des soins exonérés n'ouvrant pas droit à déduction. Dans une activité mixte, le droit à déduction dépend de l'affectation du bien et des coefficients applicables.
Comment comptabiliser un virement CPAM global ?
Il faut le rapprocher du détail des factures et paiements fourni par le suivi tiers payant ou les retours NOEMIE. Le virement peut couvrir plusieurs patients, actes et périodes ; son montant seul ne permet pas une ventilation fiable.
Sources officielles
- Exonération de TVA des professions médicales et paramédicales — BOFiP
- BNC et déclaration 2035 — Service Public Entreprendre
- Conditions d'exercice de l'infirmier libéral — Service Public Entreprendre
- Suivi des factures en tiers payant — Assurance Maladie
- Rejets de facturation et retours NOEMIE — Assurance Maladie
- Société d'exercice libéral — Service Public Entreprendre
- Régime fiscal d'une SCM — Service Public Entreprendre
- Protection sociale du professionnel libéral — Service Public Entreprendre
- Réforme des cotisations des indépendants — Urssaf
- Taxe sur les salaires — economie.gouv.fr
- Réforme de la facturation électronique pour une activité exonérée de TVA — impots.gouv.fr